Investigation d’une grappe de transmission de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline de type séquence dans un cadre communautaire


ContexteLe séquençage du génome entier WGS a généralement été utilisé pour confirmer ou infirmer les épidémies de staphylocoques doré résistant à la méthicilline identifiées par la pratique de routine. Cependant, les stratégies WGS ciblées qui identifient la transmission «indétectable» restent les objectifs finaux. un laboratoire microbiologique régional a été réalisé dans le cadre d’une étude observationnelle prospective de mois. Des analyses phylogénétiques ont identifié un groupe d’E-MRSA génétiquement apparenté isolé de patients enregistrés dans la même pratique générale GP chirurgie Ceci a conduit à une investigation pour identifier des liens épidémiologiques, trouver des cas supplémentaires Déterminer le potentiel de transmission continueRésultatsNous avons identifié des personnes infectées par le SARM avec des isolats de SARM hautement apparentés qui étaient liés à la chirurgie du GP, dont la bactérie MRSA est décédée. Parmi les cas qui ont fait l’objet d’une enquête, un ulcère de jambe / clinique de podiatrie La surveillance au Royaume-Uni montre que la proportion de bactériémies à SARM réparties entre les hôpitaux diminue, ce qui suggère la nécessité de se concentrer davantage sur la détection des éclosions de MRSA et la transmission dans la communauté Cette étude de cas confirme que la lignée nosocomiale E-MRSA peut transmettre dans les milieux communautaires Notre étude illustre l’importance continue de WGS dans la détection des éclosions, y compris celles qui peuvent être manquées par la pratique courante. suggère que les WGS universels des isolats bactériémiques peuvent aider à détecter les flambées dans les milieux à faible surveillance

SARM, épidémiologie, communauté, pratique générale, séquençage du génome Au Royaume-Uni, l’émergence de l’épidémie de Staphylococcus aureus résistante à la méthicilline type multithocus de type EMRSA [ST] a été suivie par sa dissémination rapide dans les hôpitaux britanniques et les établissements de soins de longue durée. Cela a été associé à une augmentation spectaculaire du taux de bactériémie à SARM jusqu’à ce que les taux commencent à baisser au milieu de l’année. La déclaration volontaire de bactériémie à SARM en Angleterre a été remplacée par la notification obligatoire en Depuis, l’investigation de la bactériémie à SARM nécessite un examen de postinfection localement administré PIR, qui vise à identifier comment le cas s’est produit et des actions préventives pour éviter la récurrence. Par conséquent, la responsabilité des cas est attribuée à l’organisation la mieux placée pour réaliser ces actions. ] Actuellement, seulement% de ces cas de bactériémie signalés sont attribués à un hôpital, qui s Les preuves définitives de la transmission communautaire en tant que moteur de l’infection à SARM au Royaume-Uni sont limitées, mais elles sont confirmées par un récent relevé épidémiologique et bactériologique de la génomique qui a capturé les événements de transmission. Plus d’un kilomètre de l’Est de l’Angleterre Cela plaide contre la sagesse conventionnelle selon laquelle ST est largement associée aux soins de santé au Royaume-Uni , et fournit des preuves d’un fardeau substantiel de transmission du SARM en dehors des hôpitaux. Ici, nous caractérisons la transmission communautaire d’EMRSA – généralement considérée comme une lignée nosocomiale dans une pratique générale. GP Cette étude plaide en faveur d’un regain d’intérêt pour le contrôle des infections dans les milieux communautaires. démontre le rôle du séquençage du génome entier du génome bactérien dans la surveillance communautaire du SARM d contrôle de l’infection

Méthodes

Étudier le design

Un groupe de personnes infectées par le SARM enregistrées à une seule opération chirurgicale au Cambridgeshire a été détecté pour la première fois au cours d’une étude prospective de tous les échantillons positifs au SARM traités par le laboratoire de santé publique et de santé publique de Cambridge. CUH à Cambridge, Royaume-Uni Cette étude a été décrite en détail ailleurs. En résumé, des individus ont été identifiés avec des SARM isolés au moins une fois des prélèvements et / ou des échantillons cliniques et des isolats WGS de SARM de ces cas. les données ont révélé un seul grand groupe de MRSA étroitement apparenté, défini sur la base d’une distance de polymorphisme mononucléotidique par paires [SNP] & lt; SNP qui contenaient des isolats provenant de ces individus Ceci a constitué le point de départ d’une enquête de santé publique et l’étude décrite ici

Enquête de santé publique

La détection de la grappe de SARM a abouti à une enquête menée en mai par l’équipe locale de protection de la santé PHE La chirurgie GP avait & gt; Les personnes impliquées dans la grappe de SARM définie comme cas recevaient une fiche d’information et des détails sur le consentement à l’opt-out avant l’examen individuel des dossiers du médecin généraliste. Si le consentement n’était pas retenu et que les dossiers étaient disponibles, les données étaient conservées. Au cours des mois précédant le premier résultat de SARM positif enregistré par chaque patient, les soins primaires, les soins ambulatoires hospitaliers, les hospitalisations et les échantillons microbiologiques qui étaient négatifs au SARM ont été enregistrés. Taux d’incidence de SARM- Le système d’information de laboratoire CUH a été utilisé pour déterminer l’incidence de la positivité de SARM sur la base d’échantillons soumis à CUH de pratiques comparables dans la même région définie comme des pratiques avec & gt; Les patients inscrits dans le même groupe de classification GP Toutes les données ont été collectées et analysées dans le contexte de l’enquête de santé publique.Les employés du cabinet généraliste ont été invités à subir un dépistage MRSA nez / gorge / aine après avoir assisté à une séance d’information. Le dépistage du SARM a été effectué aux points de prélèvement dans le bâtiment. Les prélèvements ont été effectués dans des salles de consultation de cliniques médicales choisies au hasard, dans des salles de soins infirmiers où la clinique de traitement des ulcères, le plus important lien épidémiologique entre patients, était À chaque point d’échantillonnage, une zone d’environ cm × cm ou toute la surface des poignées a été tamponnée et cultivée pour le SARM en plaquant directement sur de la gélose chromogène Une recherche approfondie de cas a été effectuée pour identifier d’autres cas liées à la grappe sur une période plus longue, et pour qui les isolats de SARM ont été Cette approche impliquait différentes approches Une recherche rétrospective a été effectuée sur le système d’information CUH pour les échantillons positifs au SARM soumis par la chirurgie GP entre janvier et juin. Ces données ont ensuite été croisées avec la base de données d’archives bactériennes pour déterminer si des isolats ont été conservés à – ° C Des analyses de laboratoire ont été effectuées en laboratoire entre novembre et février afin de détecter les personnes SARM positives à la chirurgie GP. comme décrit ci-dessus

Séquençage du génome entier, dactylographie et analyse des données

L’ADN a été extrait, les banques ont été préparées et les séquences terminales appariées -bp ont été déterminées sur des isolats d’étude d’origine Illumina HiSeq ou des isolats MiSeq identifiés par des méthodes de recherche de cas supplémentaires. Les détails des lectures et la profondeur de couverture / N sont fournis. Les données de séquences de tables supplémentaires ont été soumises à l’European Nucleotide Archive wwwebiacuk / ena; les numéros d’accession sont également listés dans le tableau supplémentaire STs ont été assignés en utilisant des données de séquence, un script interne, et la base de données MLST http: // saureusmlstnet /, et les STs ont été assignés aux complexes clonaux CCs Les isolats ont été mappés en utilisant SMALT http: // wwwsangeracuk / science / tools / smalt- à la souche de génome de référence E-MRSA HO, numéro d’accès HE Les éléments génétiques mobiles, les indels et les régions de SNP à haute densité ont été exclus pour identifier le génome de base phylogénétiquement informatif pour chaque isolat, et Les SNP ont été utilisés pour créer une phylogénie à maximum de vraisemblance, enracinée au milieu en utilisant RAxML avec bootstraps Les arbres ont été visualisés en utilisant Figtree http: // treebioedacuk / software / figtree / et ITOL http: // itolemblde / In silico polymérase en chaîne de la la région X variable du gène spa a été entreprise en utilisant les données du génome et les amorces publiées Le type de Spa a ensuite été déterminé en utilisant SpaTyper http: // spatyperfortinbrasus

Considérations éthiques

Approbation du protocole d’étude pour l’étude prospective a été accordée par le National Research Ethics Service de référence / EE /, ECC -h /, et le Département de recherche et développement de la NHS Foundation Trust de l’Université de Cambridge les personnes impliquées dans le groupe SARM ont reçu une feuille d’information et des détails sur le consentement à la renonciation avant l’examen individuel des dossiers du médecin généraliste. Toutes les données ont été recueillies et analysées dans le contexte de l’enquête de santé publique

RÉSULTATS

Au cours de l’étude prospective de SARM portant sur le portage et les isolats cliniques de SARM dans l’est de l’Angleterre entre avril et avril, nous avons identifié un certain nombre d’éclosions potentielles fondées sur la parenté génomique et les liens épidémiologiques . enregistrés dans la même opération chirurgicale au Cambridgeshire et présentaient donc un intérêt particulier Tous les isolats étaient ST et faisaient partie de la clade EMRSA Figure Nous avons initié une enquête pour exclure la transmission continue, et pour élucider si cela représentait une transmission communautaire ou Figure 1. En premier lieu, l’examen rétrospectif des dossiers électroniques de laboratoire a permis d’identifier des individus avec un total d’isolats récupérables pour le séquençage, dont un patient [ P] avait déjà été identifié dans les cas initiaux. Second, prosp surveillance efficace des échantillons positifs au SARM envoyés par la chirurgie GP pendant des mois entre novembre et février et surveillance des nouveaux échantillons positifs de SARM par l’équipe de contrôle de l’infection identifiée isolats récupérables des individus Troisièmement, PIRs ont été entrepris en – P / P avec une bactériémie à SARM dans un autre hôpital régional Un seul isolat de chaque hémoculture a été obtenu pour chaque patient de l’hôpital admis Un résumé des isolats de patients de l’étude originale et une recherche de cas supplémentaires sont fournis dans le tableau. Fourchette, – Quatre patients avaient seulement des échantillons de dépistage soumis Parmi les échantillons cliniques soumis,% ont été rapportés comme des écouvillons superficiels des membres inférieurs / pied, alors que provenaient de cultures sanguines et de pus tous de patients différents

Figure Vue largeTélécharger la diapositive Arbre de vraisemblance maximale généré à partir des sites SNP de polymorphisme mononucléotidique dans le génome de base pour les isolats CC de l’étude Le clade surligné en gris est le plus grand groupe avec une limite maximale de SNP au sein de la collection. Étude de la chirurgie généraleFigure View largeTélécharger la diapositive Arbre de vraisemblance maximale généré à partir du polymorphisme mononucléotidique Sites SNP dans le génome de base pour les isolats CC de l’étude Le clade surligné en gris est le plus grand groupe avec une limite maximale de SNP au sein de la collection. inscrit à l’étude chirurgie générale

Figure Vue largeTéléchargement Diagramme récapitulatif de l’identification du patient Un patient a été capturé à la fois par le groupe de la communauté et la revue rétrospective de laboratoire abrégée Abréviation: WGS, séquençage du génome entierFigure View largeTélécharger la diapositive Diagramme récapitulatif de l’identification du patient Un patient a été capturé par le groupe communautaire et la rétrospective étendue examen des dossiers de laboratoire Abréviation: WGS, séquençage du génome entier

Tableau Information sur le patient et l’échantillon ID de l’étude Isolement Année Type d’échantillon / site Méthode d’identification MLST dans le groupe phylogénétique inclus dans l’enquête de santé publique P_ Clinique, pied Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, pied Coll et al, Oui Oui P_ Écran Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, cheville Cette étude, revue de laboratoire Oui Oui P_ Screen Cette étude, examen des dossiers de laboratoire Oui Oui P_ Écran Cette étude, examen des dossiers de laboratoire Oui Oui P_ Clinique, non précisée Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et coll., Oui Oui P_ Écran Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll. , Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, pied Coll et al, Oui Oui P_ Cl inical, coll Coll et coll., Oui Oui P_ Écran Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et coll., Oui Oui P_ Écran Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, sang Cette étude, PIR Oui Oui P_ Clinique, sang étude, PIR Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Non P_ Clinique, non spécifiée Coll et al, Oui Non P_ Clinique, retour Coll et coll., Oui Non P_ Écran Coll et coll., Oui Non P_ Coll Coll et coll., Oui No P_ Clinical, genital Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Clinical, finger Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, surveillance prospective Non Non P_ Clinique, sang Cette étude, surveillance prospective Non Non P_ Clinique, abcès Cette étude, surveillance prospective Non Non ID de l’étude Isolation Année Samp le Type / Site Méthode d’identification MLST dans le groupe phylogénétique inclus dans l’enquête de santé publique P_ Clinique, pied Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, pied Coll et coll., Oui Oui P_ Écran Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, cheville Cette étude, revue de laboratoire Oui Oui P_ Écran Cette étude, revue de laboratoire Oui Oui P_ Screen Cette étude , examen des dossiers de laboratoire Oui Oui P_ Clinique, non précisée Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et coll., Oui Oui P_ Écran Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et coll., Oui Oui P_ Clinique, coll Coll al, Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, pied Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Oui P_ Screen Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, Coll Coll et al, Oui Oui P_ Écran Coll et al, Oui Oui P_ Clinique, sang Cette étude, PIR Oui Oui P_ Clinique, sang Cette étude, PIR Oui Oui P_ Clinique, jambe Coll et al, Oui Non P_ Clinique, non précisée Coll et coll., Oui Non P_ Clinique, coll Coll. Et coll., Oui Non Coll. Coll. Et coll., Oui Non Coll. Coll. Et coll., Oui Non P_ Clinique, génitale Cette étude, revue de laboratoire , doigt Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, revue de laboratoire No No P_ Screen Cette étude, surveillance prospective Non Non P_ Clinique, sang Cette étude, surveillance prospective Non Non P_ Clinique, abcès Cette étude, surveillance prospective Non Non Abréviations: MLST, type de séquence multilocus; P, patient; PIR, revue de postinfectionVoir Grand

Analyse génétique

Le génotypage du spa a montré que le groupe était formé de types de stations thermales principales avec des variantes supplémentaires. Les ST supplémentaires ont été dérivées des données WGS pour les isolats SARM identifiés par la recherche de cas supplémentaires Les isolats ST prédominants, les individus, le reste étant des isolats ST, Les isolats non ST ont été exclus d’une analyse plus approfondie. Après avoir combiné les isolats ST de l’étude originale et de la recherche de cas supplémentaires à un total d’isolats ST, un maximum de l’arbre de vraisemblance a été construit sur la base des SNP dans le génome de base comparé au génome de référence EMRSA. Cette classification des isolats de ST des individus, maintenant appelés des cas, a été identifiée dans le groupe original et les isolats supplémentaires ont été identifiés. à partir des cas P et P identifiés au cours de PIRs d’infections de circulation sanguine La distance médiane de SNP par paires entre les isolats de groupe de ceux-ci cas était gamme, -; intervalle interquartile [IQR], – La distance SNP par paires médiane pour les isolats de groupe de la même personne dans les cas avec & gt; isoler était gamme, -; IQR, – Un patient P a eu des isolats en grappes qui se sont étendus sur une période de quelques mois à un isolat basal, et des isolats dans – avec des distances par paires de, et des SNP de l’isolat

Figure Vue largeTélécharger les analyses prophylactiques des isolats de type Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline provenant de cas liés à une chirurgie générale Arbre à maximum de vraisemblance enraciné à mi-parcours basé sur des polymorphismes mononucléotidiques dans le génome du noyau Chaque isolat est étiqueté comme patient P numéro d’étude_isolate numéro_année d’isolement Cercles Indiquer plusieurs isolats provenant du même patient, chaque couleur étant unique pour un patient. Cas sans cercles signifient chez les patients avec un seul isolat seulement Abréviation: SNP, polymorphisme mononucléotidique Voir grandListe glissanteThermosynthèse d’isolats de type séquence de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline cas liés à une chirurgie générale Arbre à maximum de vraisemblance enraciné à mi-parcours basé sur des polymorphismes mononucléotidiques dans le génome de base Chaque isolat est étiqueté comme patient P étude numéro_isolate nombre_année d’isolement Les cercles indiquent des isolats multiples provenant du même patient, avec chaque couleur étant unique à un patient Cas sans cercles signifient des patients ceux avec un seul isolat seulement Abréviation: SNP, polymorphisme mononucléotidique

Enquête de santé publique

Pour mieux comprendre la grappe, une enquête de santé publique a été menée pour enquêter sur les cas liés génomiquement, ainsi que le dépistage du personnel et de l’environnement pour la présence de SARM Deux des cas P / P ont été exclus de l’analyse épidémiologique ou refus du consentement Des autres cas, l’âge médian était de plusieurs années, -; IQR, – au moment de l’enquête, et les cas% étaient des femmes La cartographie géographique de la première date d’isolement du SARM et du lieu de résidence pour chaque cas démontrait que les cas vivaient à km les uns des autres et les individus vivaient dans la même rue. vécu dans le même ménage ou LTCFReview de l’échantillon demandant des informations a montré une prédominance des cas de prélèvements des membres inférieurs avec des échantillons comprenant les membres inférieurs; écran seul,; bactériémie seule, les dossiers médicaux de GP ont révélé que la date du premier échantillon de SARM positif enregistré pour les cas variait de à chaque cas dans les mois précédant la première détection de SARM était vaste pour tous les patients sauf Figure B Six des cas avaient fréquenté l’hôpital pendant cette période, dont les cas P / P / P avaient fréquenté seulement l’hôpital, les cas P / P avaient fréquenté différents hôpitaux, et le cas P avait fréquenté différents hôpitaux. Fondamentalement, aucun lien global n’a pu être établi entre les cas et la fréquentation d’un hôpital Figure A Six individus avaient ou plus d’échantillons qui étaient négatifs pour le SARM dans les mois précédant la date de la première détection de SARM, et n’avaient aucun dossier d’hospitalisation dans l’intervalle. Onze des cas avaient consulté la clinique GP de l’ulcère de jambe. non, mais P vivait sur la même route que P

Figure Vue largeTélécharger la diapositiveA, date du premier échantillon de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline positif connu, dénoté par une étoile noire pour les personnes enquêtées dans l’enquête de santé publique, et les cases grises des mois précédents au cours desquelles des contacts ont été établis pour chaque cas Indiquer la date des échantillons de SARM de lignée de groupe confirmés par la génomique pour chaque individu B, Chronologie résumant les contacts de soins de santé pour les cas dans les mois précédant le premier échantillon positif au SARM Le calendrier de chaque cas ne se chevauche pas nécessairement. suit: cercle ouvert, hôpital; carré rouge, clinique de l’ulcère; Ouvrir la case, toute autre visite en médecine générale Les croix noires indiquent la date de l’échantillon de SARM négatifFigure suivante grandDownload slideA, Date du premier échantillon de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline positif connu, dénoté par une étoile noire pour les personnes enquêtées dans l’enquête de santé publique et la fenêtre mensuelle précédente cases grises au cours desquelles les contacts avec les soins de santé pour chaque cas ont été établis Les cercles ouverts rouges indiquent la date de lignée génomique confirmée MRSA échantillons pour chaque individu B, Chronologie résumant les contacts de soins de santé pour les cas dans les mois précédant le premier échantillon SARM positif ne se chevauche pas nécessairement, et s’étend entre et Contact enregistré avec les soins de santé représentés comme suit: cercle ouvert, hôpital; carré rouge, clinique de l’ulcère; carré ouvert, toute autre visite de médecine générale Les croix noires indiquent la date de l’échantillon de SARM négatifAu total du personnel de la chirurgie GP environ% des employés cliniques / non cliniques ont reçu des écrans multisites de SARM, tous négatifs Parmi les infirmiers qui travaillaient à la clinique les premiers échantillons positifs de SARM dans Quarante échantillons environnementaux ont été prélevés dans les salles d’attente et les salles de soins communautaires, tous étant également négatifs au SARM. Étant donné que ce groupe n’a été identifié que par séquençage génomique, nous avons cherché à déterminer si le taux d’incidence avait été Ce résultat a été obtenu en comparant le taux d’incidence des échantillons positifs au SARM soumis au laboratoire de microbiologie diagnostique CUH entre et entre la chirurgie GM et d’autres pratiques de taille et de population démographique similaires dans le Cambridgeshire. pour toutes les pratiques, sans signal d’éclosion identifiable la pratique générale faisant l’objet de l’enquête Figure supplémentaire

DISCUSSION

e de ~ SNPs / génome / année en ST , compatible avec le transport depuis cette date La contribution importante des porteurs de SARM à long terme à la transmission dans les hôpitaux a déjà été démontrée , et sera probablement pertinente dans d’autres contextes. les porteurs persistants avec des plaies chroniques telles que les ulcères de jambe sont notoirement difficiles, et un contrôle rigoureux de l’infection est requis pendant le traitement comme des changements de pansement lorsque l’excrétion bactérienne peut survenir. MRSA n’a pas été isolé du personnel ou de l’environnement lors d’une étude de prévalence ponctuelle. mais il a été réalisé pendant une période considérable après l’établissement du groupe et a été largement entrepris pour identifier les facteurs modifiables. MRSA ST est la lignée de SARM la plus fréquente associée aux infections associées aux soins de santé au Royaume-Uni et basée sur la prévalence globale plus élevée du SARM. dans les hôpitaux par rapport à la communauté au cours des dernières décennies, on a supposé que la directionnalité prédominante de Les études antérieures menées au Royaume-Uni ont isolé la ST de la communauté , mais le typage bactérien manquait de résolution suffisante pour inférer la transmission. Pour soutenir cela, le génotypage en spa des isolats de grappe dans cette étude a été entrepris et basé sur la présence d’un certain nombre de types de spa, il est peu probable qu’un tel typage aurait identifié ce groupe WGS a été utilisé pour confirmer que la transmission d’un variant de ST locus unique positif de Leucocidin Panton-Valentine a eu lieu à partir d’une unité de bébé de soins spéciaux dans En revanche, les résultats de notre étude suggèrent que la plupart des cas / associés à la grappe de SARM n’avaient pas été à l’hôpital ou avaient au moins un échantillon qui était SARM négatif dans les mois précédant la première Détection du SARM La majorité des cas présentaient des liens avec la fréquentation de cliniques dans la communauté, en particulier pour les soins de l’ulcère, fournissant des preuves génomiques pour la transmission de est une lignée nosocomiale dans les communautés plutôt que dans les hôpitauxUne plus grande attention est nécessaire pour détecter la transmission du SARM dans la communauté si les taux globaux de bactériémie SARM doivent être encore réduits Le rôle de prévention et de contrôle des infections dans la communauté deviendra de plus en plus pertinent qui augmentent la prestation de soins en dehors des hôpitaux , et qui nécessiteront un examen de la structure actuelle des services d’infection à prédominance hospitalière Plusieurs approches méthodologiques pourraient être envisagées Une option de surveillance passive peu coûteuse associée à un seuil défini au-dessus duquel une investigation est déclenchée Cependant, la période prolongée pendant laquelle la transmission s’est produite dans le groupe décrit ici signifiait des taux de SARM au fil du temps pour la chirurgie GP étaient comparables avec d’autres pratiques similaires. les données de cette pratique sont peu probables L’ajout de WGS a permis une évaluation solide de la parenté des isolats et des cas de MRSA, et la mise en œuvre de la surveillance WGS pour contrôler les procédures peut être un outil nécessaire si la transmission du SARM doit être ciblée par des interventions rapides. Un certain nombre de limitations Nous ne pouvons pas exclure que l’épidémie ait pu être détectée par d’autres méthodes de typage non utilisées ici, comme l’électrophorèse sur gel en champ pulsé. Nous n’avons pas entrepris d’échantillonnage pour les porteurs asymptomatiques de SARM dans la communauté plus large. étendue de la grappe Seule une faible proportion des isolats de SARM provenant d’échantillons soumis par la chirurgie GP étaient disponibles pour le séquençage, réduisant ainsi le nombre de cas pouvant être inclus dans la rétrospective rétrospective. L’étude n’était pas suffisamment poussée pour conduire une étude de cas. cas de conception de cas avec SARM assignés à la grappe vs cas de SARM non liés pour déterminer le risque spécifique f les acteurs de l’acquisition de SARM, la comparaison entre les pratiques étant limitée en raison de la diversité des services fournis Enfin, tous les membres du personnel ayant participé à la grappe ont été dépistés pour le SARM en raison du roulement de personnel En conclusion, la détection de la transmission et des éclosions associées au SARM ST transport et infection dans la communauté sont incomplètes En particulier, cette étude de cas démontre la nécessité de considérer les chirurgies GP comme des points chauds de transmission considérant que WGS de tous les isolats de SARM de chirurgies GP peut ne pas être rentable, cette étude de cas démontre comment WGS universel de bactériémie Les stratégies systématiques WGS pourraient fournir une attribution plus précise de la source, fournir un mécanisme pour un ciblage plus efficace du contrôle des infections, et conduire à de nouvelles réductions du nombre de cas de transmission. les gens qui deviennent colonisés par, et continuent à développer, bactérie MRSA ia

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles sur Clinical Infectious Diseases en ligne. Les données fournies par les auteurs étant destinées au lecteur, les documents publiés ne sont pas copiés et relèvent de la seule responsabilité des auteurs phobie. Les questions ou les commentaires doivent donc être adressés à l’auteur correspondant.

Remarques

Contributions des auteurs M S T et E R W ont entrepris les analyses épidémiologiques et bioinformatiques avec les contributions de T W, E M H et F C Les travaux de laboratoire ont été menés par B B L’enquête de santé publique a été gérée par B N et N B; l’équipe d’enquête comprenait également M S T, E R W, B S, T W et S J P Un dépistage supplémentaire a été effectué sur place par B S et M S T; SJP et JP supervisaient et géraient l’étude Tous les auteurs avaient accès aux données et lisaient, contribuaient et approuvaient le manuscrit final. Remerciements Nous remercions le gestionnaire de la pratique et les autres membres du personnel du cabinet pour leur coopération et participation à cette enquête. Lynn Rodrigues et Rachel Thaxter pour leur contribution Nous remercions Jill Eastment, le Dr M Esteé Torok, le Dr Sandra Reuter et le Dr Dorota Jamrozy pour leurs conseils et leurs contributions. Nous reconnaissons les groupes de production de séquençage de base de Wellcome Trust Sanger Institute et le groupe d’informatique pathogèneDisclaimer Conception de l’étude, collecte de données, analyse des données, interprétation des données ou rédaction du rapport L’enquête de santé publique a été financée par Public Health EnglandFinancial support Ce travail a été financé par des subventions de l’Initiative de recherche translationnelle sur la prévention des infections et la subvention du Medical Research Council. numéro G, avec des contributions à la subvention du Conseil de recherche en biotechnologie et en sciences biologiques, de l’Institut national de recherche en santé au nom du ministère de la Santé et du Bureau scientifique principal de la Direction de la santé du gouvernement écossais au profit de SJP; par une importante subvention de recherche de la Société d’Infection de la Santé à S J P; et par Wellcome Trust numéro de subvention attribué au Wellcome Trust Sanger Institute MST était un Wellcome Trust Clinical Fellow FC a été soutenu par le numéro de subvention Wellcome Trust / Z // ZPotentiel conflits d’intérêts NMB est sur le comité consultatif de Discuva Ltd Tous les autres auteurs signaler aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de conflit d’intérêts que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués