Méthodes microbiologiques utilisées dans l’étude de cohorte MAL-ED


Une hypothèse centrale de l’étude MAL-ED est que les entéropathogènes contribuent à un ralentissement de la croissance. Pour examiner cette question, le réseau d’enquêteurs du MAL-ED s’est mis en quête d’une réponse positive aux problèmes de santé et de développement. atteindre des objectifs: développer des protocoles harmonisés pour tester une gamme diversifiée d’entéropathogènes, fournir des résultats comparables et de qualité garantie sur les sites mondiaux, et atteindre un débit de laboratoire maximal et un coût minimum. Cet article décrit la logique des tests microbiologiques choisis et les méthodologies buts

culture, ELISA, entéropathogène, microscopie, PCRA hypothèse centrale de l’étiologie, les facteurs de risque et les interactions entre les maladies entériques et la malnutrition et les conséquences pour la santé des enfants et le développement étude MAL-ED est que les entéropathogènes participent et conduisent un cercle vicieux de malnutrition et de diarrhée Il a été proposé que l’infection entérique peut conduire directement à la malnutrition, mais les données existantes sont étonnamment rares. La grande majorité des données sur les entéropathogènes proviennent d’études sur la diarrhée, généralement de formes sévères d’hospitalisations Ceci est partiellement informatif en effet, la diarrhée de nature chronique ou récidivante peut conduire à la malnutrition, comme l’illustrent les études classiques des enfants guatémaltèques décrites par Mata . Le corollaire est également vrai: la malnutrition prédispose à l’incidence, à la persistance et à la sévérité de la diarrhée. Les principaux résultats de l’étude MAL-ED sont la croissance linéaire, c’est-à-dire le retard de croissance comme principal critère d’intérêt. une question majeure se pose de savoir si le transport d’entéropathogènes ou de profils entéropathogènes particuliers est associé à un retard de croissance indépendant de la diarrhée

Associations entre les entéropathogènes particuliers et la malnutrition

Bactéries

Les études menées par Mata et Dale et Mata au Guatemala ont utilisé un laboratoire qui mettait l’accent sur la culture bactérienne. Dans ces études cas-témoins d’enfants malnutris vs témoins villageois, on a observé que l’infection, la charge et la durée de Shigella étaient La présence d’Escherichia coli fécal et de Candida albicans a été associée aux contrôles. Notamment, chez les enfants malnutris suivis en série, un changement de la flore intestinale le jour précédant un épisode diarrhéique marqué par moins de E. coli, lactobacilles, et les streptocoques, remplacés par des fermenteurs à lactose lent et staphylocoques était un signe avant-coureur de la journée de détection de Shigella – suivie par le jour de la diarrhée au Bangladesh, les effets de la diarrhée causée par Shigella, E. coli entérotoxinogène ETEC, et rotavirus cohorte de naissance basée, et il a été observé que ces différents agents pathogènes ont des effets différents sur la croissance des enfants Shigella af La croissance linéaire fectée et le gain pondéral ETEC, alors que le rotavirus n’a pas eu d’effets significatifs sur les deux Ces premières études comparant différents pathogènes dans les mêmes échantillons ont ajouté des informations importantes pour soutenir la logique de l’étude MAL-ED. Au Brésil, Steiner et al ont constaté que les enfants témoins infectés par E. coli entéroaggrégatif E. coli présentaient une altération significative de la croissance indépendante de la diarrhée. En Gambie et en Colombie, les taux d’infection à Helicobacter pylori étaient élevés% -% et associés à la malnutrition. Les infections asymptomatiques et symptomatiques à Campylobacter atténuent la prise de poids au cours d’une période subséquente, alors que l’infection symptomatique à Campylobacter, en particulier les formes sévères, était associée à des déficits linéaires de croissance au cours d’une période de temps subséquente.

Protozoaires

Dans une étude péruvienne, une infection asymptomatique par Cryptosporidium a eu un effet défavorable sur la prise de poids et les enfants infectés n’ont pas rattrapé leur retard après l’infection Au Brésil, une association a été observée entre Cryptosporidium et déficits de croissance. En outre, en Egypte, Cryptosporidium parvum, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica et Blastocystis hominis étaient surreprésentés dans les échantillons de selles d’enfants immunodéprimés, dont beaucoup souffraient de malnutrition protéino-calorique, de marasme et de kwashiorkor marasmique sans diarrhée .

Helminthes

L’ankylostomiase, l’Ascaris et le Trichuris ont été attribués à un énorme fardeau de l’année de vie ajusté sur l’incapacité en raison de leurs effets sur la dénutrition ; Dans une étude sur les enfants en République démocratique du Congo, le retard de croissance était significativement associé à l’infection à Ascaris, alors que l’émaciation était associée à Ascaris ou à Trichuris . étude en Éthiopie n’a montré aucune association avec Ascaris et la malnutrition Une étude en Jamaïque a révélé que le traitement de Trichuris avec albendazole chez les personnes âgées conduit à une amélioration significative des tests de mémoire à court terme et de numérisation et de récupération à long terme mémoire Les interventions vermifuges avec l’albendazole ou le tétramisole ont entraîné des améliorations significatives de la malnutrition dans certaines études Cependant, une vaste méta-analyse de Dickson et al concluait que les preuves étaient «inconsistantes et limitées» que le traitement antihelminthique de routine effets sur le gain de poids chez les enfants

Mécanismes possibles dans lesquels un entéropathogène, indépendant de la diarrhée, pourrait conduire à la malnutrition

Windle et al ont postulé que H pylori initie un cercle vicieux qui commence par l’hypochlorhydrie, qui prédispose à l’infection par d’autres entéropathogènes, par exemple, Vibrio cholerae, Salmonella Giardia ainsi que l’anémie ferriprive, puis conduit à la malnutrition Dans certains milieux, l’infection de Giardia, mais pas Ascaris, Trichuris, ankylostome, ou ténia a été corrélée avec une perméabilité intestinale plus élevée mesurée par le rapport lactulose: mannitol : le rapport mannitol est une mesure corrélée à la malnutrition et au kwashiorkor sévère dans plusieurs autres études La perte de protéines pourrait également résulter d’une infection; par exemple, Strongyloides a été associée à des taux élevés d’α-antitrypsine fécale et d’entéropathie à perte protéique De plus, l’inflammation intestinale subclinique due aux entéropathogènes peut également jouer un rôle dans la perte de protéines. Concentrations de lactoferrine fécale et d’interleukine β La plupart de ces données sont indirectes et peuvent être confondues par des infections mixtes et des études microbiologiques incomplètes portant sur des entéropathogènes sélectionnés. Le sous-comité technique de microbiologie MAL-ED a donc adopté une approche agnostique pour déterminer les entéropathogènes. dans la malnutrition, les chercheurs du MAL-ED se sont efforcés de détecter autant d’entéropathogènes présents dans nos échantillons d’étude que possible dans le cadre de nos contraintes de laboratoire et de budget, en équilibrant les coûts, la comparabilité croisée et le débit

MÉTHODES MICROBIOLOGIQUES

Commencez

Les chercheurs de l’étude MAL-ED ont convenu que les protocoles microbiologiques doivent être standardisés et harmonisés sur tous les sites d’étude. Tous les sites ont effectué leurs propres tests pour tirer parti des capacités locales et éviter l’envoi d’échantillons aux laboratoires centraux. Le sous-comité technique de microbiologie du MAL-ED a ensuite développé les procédures opératoires normalisées de fonctionnement en collaboration avec le plus grand nombre de chercheurs du réseau MAL-ED. les sites ont apporté leur expertise, expliqué les défis propres à leur site, débattu vigoureusement, compromis, et créé un ensemble de SOP consensuelles, qui ont ensuite été mises en œuvre sur les sites avant le recrutement des études

Collection de spécimens

Les prélèvements de selles de surveillance ont été recueillis à l’anniversaire mensuel de la naissance de l’enfant ± jours. De plus, nous avons cherché à recueillir auprès des enfants enrôlés un échantillon de chaque épisode diarrhéique. Cependant, dans les sites ruraux, la maison du participant pouvait être à plusieurs heures du laboratoire. Nous avons donc demandé l’aide de la mère ou d’un autre soignant et nous les avons équipés de matériaux pour recueillir les selles. la veille d’une collecte prévue Dans certains sites, les mères ou les soignants ont été initiés à l’utilisation de couches jetables usées, ce qui n’était souvent pas la coutume locale, tandis que d’autres sites utilisaient des bâches en plastique. et placez-le dans l’heure dans un tabouret étiqueté contiennent Le ramassage des selles a généralement lieu le matin, de sorte que le chercheur de l’étude, l’infirmière ou le travailleur de terrain a traité le spécimen peu de temps après. Nous avons exigé que les échantillons de selles soient placés dans les milieux de transport de Cary-Blair dans les heures suivant la production. Le temps maximum permis entre le placement des échantillons de selles à Cary-Blair et la réception de tous les échantillons dans le laboratoire était dû aux longues distances. , quelques sites d’étude ont choisi de s’entraîner et de quitter les médias de transport de Cary-Blair avec la mère ou un autre soignant; Cary-Blair a été choisi comme seul média de transport pour la culture car il facilite la récupération de toutes les bactéries que l’étude MAL-ED cherchait à isoler If & lt; g de l’échantillon a été reçu, un protocole de test de priorité standardisé a été suivi et le souvenir d’un échantillon supplémentaire a été tenté pendant des heures

Figure Vue grandDownload slideWorkflow pour spécimen de selles de la collecte à l’essai Abréviations: ELISA, dosage immuno-enzymatique; O & amp; P, ovules et parasites; PCR, réaction en chaîne de la polyméraseFigure View largeTélécharger la lameWorkflow pour spécimen de selles de la collecte à l’essai Abréviations: ELISA, dosage immuno-enzymatique; O & amp; P, ovules et parasites; PCR, réaction en chaîne de la polymérase

Gestion des échantillons dans le laboratoire

Les spécimens ont été traités en laboratoire le jour même où ils ont été collectés, de sorte que pendant les pics de prélèvement, le laboratoire était tenu le soir et le week-end et que le personnel devait rentrer chez lui en toute sécurité. un minimum de g de selles était requis Nous avons anticipé que certaines quantités d’échantillons seraient insuffisantes et avons développé une liste de tests prioritaires et un protocole de rappel par lequel le travailleur de terrain est retourné au ménage le jour suivant pour tenter une autre collecte. a été collecté et traité sur chaque site d’étude, une base de données de suivi des échantillons utilisant des étiquettes de codes à barres était essentielle Un système de suivi interne initialement développé par le site MAL-ED au Brésil a été modifié et déployé avec succès sur tous les autres sites

Bactériologie

Nous avons optimisé notre protocole de bactériologie pour détecter les entéropathogènes bactériens majeurs: Salmonella, Shigella, Vibrio, Yersinia, Aeromonas, et Plesiomonas. Les milieux de culture de BD Sparks, Maryland ont été achetés préparés ou préparés en interne par les sites d’étude et ont été contrôlés. Les colonies de colonie de Kligler, les tubes de lysine-décarboxylase, les tubes de milieu de motilité indole-ornithine et les pentes d’urée sont étudiés dans le tableau ci-dessous pour déterminer la morphologie des colonies. a choisi de cribler des colonies à l’aide de l’API Analytical Profile Index E Système d’identification bioMérieux, Craponne, France ou MicroScan Identification System Siemens Corporation, Washington, DC Toutes les présomptives Salmonella, Shigella et Vibrio ont été confirmées par sérotypage avec Difco BD ou Denka-Seiken Tokyo, Japon antisérums Yersinia, Aeromonas et Plesiomonas ont été confirmés par l’API E ou l’Identité MicroScan Système d’ification

Tableau Méthodes de culture bactérienne utilisées dans l’étude MAL-ED Pathogènes moyens Colonies suspectes MacConkey agar Salmonella, Shigella, Aeromonas, Plesiomonas, Yersinia, Vibrio, E coli Fermenteur non lactose, incolore ou transparent, E coli-polymérase Réactions en chaîne XLD Salmonella, Shigella, Aeromonas, Plesiomonas, Yersinia, Vibrio Transparent, rouge avec ou sans HS TCBS Vibrio, Aeromonas Jaune, vert, transparent bleu-vert toute croissance Pathogènes moyens Colonies suspectes Agar MacConkey Salmonella, Shigella, Aeromonas, Plesiomonas, Yersinia, Vibrio, E coli Fermenteur non-lactose , incolore ou transparent, E coli-polymérase réaction en chaîne archive XLD Salmonella, Shigella, Aeromonas, Plesiomonas, Yersinia, Vibrio Transparent, rouge avec ou sans HS TCBS Vibrio, Aeromonas Jaune, vert, transparent bleu-vert toute croissance Abréviations: TCBS, thiosulfate -citrate-sels biliaires-gélose au saccharose; XLD, xylose lysine desoxycholateView Large

Escherichia coli

Escherichia coli est un constituant normal de la flore intestinale humaine, mais des souches pathogènes apparaissent lorsqu’elles acquièrent des gènes de toxines ou d’autres facteurs de virulence. La détection de E coli diarrhéique est donc basée sur la détection de ces facteurs directement dans un sous-ensemble. Nous avons choisi de cueillir et de regrouper des colonies de E. coli qui fermentent le lactose, et de les caractériser pour des gènes de virulence en utilisant une réaction en chaîne par polymérase multiplexe PCR Des études ont révélé une plus grande détection d’E. coli. Nous avons choisi d’utiliser la PCR multiplex pour caractériser les isolats d’E. coli par rapport à des méthodes phénotypiques plus conventionnelles, par exemple, dosage immuno-enzymatique (ELISA) ou cellule. test de culture, pour le débit et la comparabilité croisée Nous avons adapté les tests de PCR de la littérature pour créer un e -plex PCR La détection des amplicons a été réalisée par électrophorèse sur gel car cette technologie était en place sur tous les sites et était moins coûteuse que l’utilisation de sondes PCR en temps réel, mais cela nécessitait une nouvelle conception pour créer des amplicons de bandes visuellement distinctes. notre test a détecté les principaux pathotypes E coli diarrhéiques comme suit tailles de bande entre parenthèses: E coli productrice de Shiga toxine: stx bp et stx bpETEC: LT bp et ST bpE coliEtéropathogène EPE: eae bp et bppA bpEnteroinvasive E coli EIEC: ipaH bpCEEC: aatA bp et aaiC bpADN des souches de E. coli de référence-EAEC O; E. coli entérohémorragique EHEC O: H; EIEC O; EPEC /; et ETEC H-ont été utilisés comme témoins positifs pour chaque cycle de PCR. Les témoins négatifs ont inclus l’ADN et l’eau sans nuclease de la souche standard ATCC E coli ATCC aucun gène de virulence SYBR Safe gel stain LifeTechnologies, Grand Island, New York a été encouragé à éviter les déchets d’éthidium Les gels ont été illuminés aux UV et photographiés. Un gel typique est représenté sur la figure.

Les isolats d’E. Coli ont subi une extraction d’ADN et une PCR multiplex pour les gènes de virulence tels que décrits dans les méthodes. Les gènes de virulence sont discriminés par la longueur de bande. Abréviations: EAEC, Escherichia coli entéroaggregative; EHEC, Escherichia coli entérohémorragique; EIEC, Escherichia coli entéro-invasive; EPEC, Escherichia coli entéropathogène; ETEC, Escherichia coli entérotoxigène; Les isolats d’E. coli ont subi une extraction d’ADN et une PCR multiplex pour les gènes de virulence décrits dans les méthodes. Les gènes de virulence sont discriminés par la longueur de bande. Abréviations: CEEA, Escherichia entéroaggregatif coli; EHEC, Escherichia coli entérohémorragique; EIEC, Escherichia coli entéro-invasive; EPEC, Escherichia coli entéropathogène; ETEC, Escherichia coli entérotoxigène; nfw, eau exempte de nucléases Des détails complets sur les séquences d’essai et d’amorces utilisées peuvent être trouvés dans le matériel supplémentaire de Taniuchi et al ; La toxine thermostable E coli ST est une cible difficile Deux principaux sous-types de ST ont été trouvés chez l’homme: STp ou STIa et STh ou STIb, ce dernier étant plus associé à la diarrhée dans certaines études [ ] Notre test est basé sur les amorces de Nguyen et al , qui amplifient STh. Nous soulignons que les données de séquences dans GenBank sont variables, de sorte que l’amorce directe peut avoir des mésappariements avec certaines séquences STh; spécifiquement, l’amorce avant ‘-GCTAAACCAGTARGGTCTTCAAAA-‘ peut avoir des discordances avec certaines séquences GenBank aux positions en caractères gras Malgré ces discordances de signification imprécise, notre test a amplifié la cible désirée à partir de matériaux de référence, et des échantillons cliniques ont confirmé les cibles par des données de séquençage pas montré, nous avons donc procédé à son utilisation

Campylobacter

Cependant, d’autres sites d’étude n’étaient pas équipés pour les températures élevées et les exigences microaérophiles et ont donc préféré ELISA parce que la littérature publiée a rapporté l’équivalence fonctionnelle de ProSpecT Campylobacter ELISA. Cependant, après une analyse préliminaire des données du site montrant une moindre détection de Campylobacter avec des données de culture vs ELISA non montrées, nous avons choisi d’effectuer Campylobacter ELISA sur tous les sites d’étude avec une option d’ajout de culture si Nous avons appris par la suite dans l’étude MAL-ED que le test ELISA de Campylobacter avait une vaste détection par culture, et la PCR secondaire a révélé que beaucoup de% de ces détections étaient probablement dues à des espèces Campylobacter non-jejuni / coli

Immunodosages pour virus et protozoaires

La SOP de l’étude MAL-ED a mis l’accent sur la méthodologie ELISA, car elle simplifiait l’approvisionnement, la charge de travail rationalisée, et était relativement facile à contrôler la qualité à la collecte de l’échantillon de pointe, & gt; Ces tests ont été effectués par mois. Une analyse ELISA a permis une charge de travail par lots, car tous les tests ont permis de conserver une aliquote unique de – ° CA et de la placer dans les diluants de test appropriés. Une fois l’échantillon fécal en suspension dans le diluant, le Cryptosporidium , E histolytica et Giardia ELISA ont permis des tests en quelques heures; Campylobacter en quelques heures; Nous avons utilisé des kits ProSpecT Oxoid Ltd, Ely, Royaume-Uni pour le VP à rotavirus, l’adénovirus détecte tous les sérotypes d’adénovirus humains via un antigène d’adenovirus spécifique à l’hexon, et Le kit E HISTOLYTICA II détecte une molécule d’adhésine de surface de E histolytica qui ne réagit pas de manière croisée avec Entamoeba dispar, le kit GIARDIA II détecte une protéine de paroi du kyste G lamblia et le kit CRYPTOSPORIDIUM II détecte une protéine oocyste La performance de ces tests ELISA protozoaires est excellente et comparable à celle d’autres kits commerciaux

PCR quantitative de transcription inverse Norovirus

Norovirus est un virus à ARN avec une grande diversité génétique et est divisé en au moins génogroupes, I GI et II GII IDEIA Norovirus kit ELISA Oxoid Ltd sont disponibles, mais la sensibilité est faible par rapport à la transcription inverse RT PCR ainsi, nous avons choisi ce dernier La quantification du norovirus a été associée à des symptômes ; Pour l’extraction de l’ARN, nous avons utilisé le kit QIAamp Viral RNA Qiagen, Valencia, Californie pour favoriser la reproductibilité. Les mêmes amorces et sondes ont été utilisées sur tous les sites basés sur Kageyama et al Quatre plateformes de PCR en temps réel différentes étaient disponibles sur les sites Qiagen Rotor-Gene, BioRad CFX, Roche Lightcyler et ABI. Avant de tester les échantillons de l’étude, un panel d’échantillons a été envoyé à chaque site Performance du test sur les sites sur les différentes plates-formes, des niveaux de performance acceptables ont été observés:% consensus pour norovirus GI et% consensus pour norovirus GII. Les niveaux de performance étant acceptables, nous n’avons pas jugé utile d’acheter une plate-forme RT-PCR identique commune

Microscopie

Nous avons utilisé la sédimentation au formaldéhyde acétate pour séparer les parasites des débris fécaux. Kit de concentration de parasites fécaux FPC, Evergreen Scientific, Los Angeles, Californie Les organismes ont été identifiés morphologiquement par préparation humide et coloration acido-résistante modifiée. à des fins de vérification

Assurance Qualité / Contrôle Qualité

Pour répondre aux hypothèses centrales de l’étude MAL-ED, nous avons exigé que des données microbiologiques précises et complètes soient obtenues grâce à des protocoles harmonisés. Les activités de contrôle qualité QA / Contrôle qualité microbiologie ont été conçues pour soutenir les laboratoires du site et vérifier la qualité des données. imposer un fardeau financier ou de temps excessif

Visite du site de l’assurance qualité de Preenrollment

La plupart des procédures de microbiologie étaient routinières et faciles à mettre en œuvre sur les sites d’étude MAL-ED. Le but d’une visite pré-inscription QG était de confirmer et documenter la capacité de chaque site à respecter les protocoles standardisés et à fournir des données microbiologiques fiables. visite a inclus l’examen de toutes les SOP et formulaires de microbiologie, la collecte des échantillons secs ou la réception aux tests avec tous les tests pour archiver, identifier et résoudre les obstacles spécifiques à la conformité, l’aide à la formation spécifique au site et l’Association du transport aérien international spécimen d’expédition certification

Contrôle de qualité

Chaque PON de microbiologie spécifiait des mesures de CQ pour s’assurer que tous les kits et tous les réactifs étaient conformes à leur conception et / ou aux spécifications opérationnelles

Assurance qualité externe

Ainsi, le laboratoire de l’auteur EH de l’Université de Virginie a préparé des panneaux EQA d’assurance qualité externe personnalisés qui ont été envoyés aux laboratoires du site avant l’inscription, puis deux fois par an par la suite. Les échantillons d’EQA étaient les suivants: concentré de selles de formol pour la microscopie prép humide et coloration modifiée acido-résistante, isolats E coli pour l’identification des E coli diarrhéiques par PCR multiplex, isolats bactériens aveuglés pour identification, et échantillons de selles non diluées congelés précédemment caractérisés pour la RT quantitative des norovirus -PCR testing Selon les routines habituelles, un% consensus était requis entre les sites, et chaque site devait avoir un score minimum de% pour réussir l’AQ Tous les résultats discordants ont été étudiés, d’abord par les sites et ensuite centralement, et les mesures correctives ont été prises de retester, qui à ce jour a résolu toutes les divergences; Il n’y a pas eu de tendances récurrentes Le résumé de tous les EQM du site MAL-ED à ce jour est le suivant: Microscopie: défis,% consensus, scores de sites% -% Bactériologie: défis,% consensus, scores de sites% -% Diarrheagenic E coli PCR: défis,% consensus, scores de sites% -% Norovirus PCR: défis,% consensus GI,% consensus GII, scores de sites% -%

Assurance qualité interne

L’assurance qualité interne comprend l’évaluation annuelle des compétences du personnel, la formation continue et l’analyse des résultats divergents internes et des taux inhabituels. Les sites d’étude du MAL-ED ont partagé des outils avec les autres laboratoires du site. Par exemple, en février, le site MAL-ED du Bangladesh a observé un taux d’échantillons plus élevé que prévu testé positif par test ELISA Bien que tous les kits aient réussi le QC, une enquête avec le fabricant du test a révélé un problème possible avec le numéro de lot ELISA spécifique. Tous les sites ont ensuite été invités à retester les positifs obtenus du lot ELISA défectueux, et ce test a corrigé un taux de faux positifs de% -% sur tous les sites du lot erroné.

Approvisionnement central

La répartition géographique des sites d’étude a nécessité l’achat d’une série de réactifs pour préparer un seul spécimen de selles. Cela incluait des milieux de culture, des consommables pour la microscopie, des kits ELISA et des réactifs de diagnostic moléculaire. Nous avons choisi d’acheter les trousses ELISA et les réactifs de diagnostic moléculaire de manière centralisée à l’Université de Virginie et d’expédier périodiquement les fournitures aux sites, généralement deux fois par an. L’approvisionnement centralisé a minimisé les coûts d’expédition en consolidant les emballages. Par exemple, lors du placement de ces grandes commandes de kits ELISA, les fabricants sont entrés dans une production spéciale pour MAL-ED, qui a permis la fabrication d’un seul lot avec une durée de conservation maximale de plusieurs mois ou plus. Nous avons également été en mesure de négocier des prix d’achat en vrac que f réduction des coûts globaux Le mélange maître PCR nécessitait un envoi de glace carbonique, que nous avons pu regrouper avec les échantillons d’EQA de norovirus. Il y avait aussi des besoins spécifiques au site pour des matériaux qui ne pouvaient pas être obtenus localement. ce schéma central, qui nous a permis de distribuer rapidement de nouveaux tests de développement à des sites distants. Le programme d’achat central MAL-ED a acheté des kits ELISA, des mélanges PCR, des kits d’extraction d’acide nucléique et d’autres fournitures. En% des achats totaux centraux d’approvisionnement, cela représente des économies d’environ $ millions, sans compter les économies supplémentaires en temps et en frais de transport, ce qui ajoute habituellement environ% à expédier vers ces pays, mais seulement% en notre régime

CONCLUSIONS

Les efforts de microbiologie du réseau MAL-ED ont été significatifs et ont inclus le développement de protocoles harmonisés pour une gamme variée d’entéropathogènes, qui ont abouti à des résultats contrôlés et contrôlés de qualité de sites disparates, à des débits maximums et des sites MAL-ED leurs laboratoires, leur personnel et leurs capacités étaient variés et allaient de centres de classe mondiale avec des décennies d’expérience à des communautés rurales intactes avec des laboratoires construits à partir de conteneurs maritimes. L’atmosphère de MAL-ED était une collaboration, un partage et un renforcement des capacités. Le MAL-ED offrira un regard sans précédent sur le calendrier, la durée et le fardeau du portage des entéropathogènes chez les enfants du monde entier. Notre approche microbiologique permettra de capturer avec une grande sensibilité les principaux virus, les protozoaires et les bactéries, avec des méthodes beaucoup plus sensibles que celles pratiquées udies Cette approche permettra à l’étude MAL-ED de tirer des conclusions nouvelles et confirmatives sur les entéropathogènes et les maladies diarrhéiques, et leur relation avec la croissance des enfants et la réponse immunitaire. Un examen des multiples méthodes qui seront utilisées pour analyser les Les résultats microbiologiques de -ED sont inclus dans ce supplément

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles à Clinical Infectious Diseases en ligne http: // cidoxfordjournalsorg Les documents supplémentaires sont constitués de données fournies par l’auteur qui sont publiées au bénéfice du lecteur Les documents affichés ne sont pas copiés Le contenu de toutes les données supplémentaires sont de la seule responsabilité des auteurs ou les messages concernant les erreurs doivent être adressés à l’auteur

Remarques

Remerciements Nous remercions tout le réseau des enquêteurs MAL-ED Nous remercions et remercions également les enfants participants et leurs familles dans l’étude de cohorte MAL-ED. Soutien financier L’étiologie, les facteurs de risque et les interactions des infections entériques et de la malnutrition et les conséquences pour la santé infantile. Le projet de développement MAL-ED est réalisé comme un projet collaboratif soutenu par le projet de loi & amp; Fondation Melinda Gates; la Fondation pour les Instituts nationaux de la santé; et le National Institutes of Health, Fogarty International CenterSupplement parrainage Cet article est apparu dans le supplément “Malnutrition et Maladie Entérique étude MAL-ED: Comprendre les conséquences pour la santé et le développement des enfants”, qui est parrainé par les National Institutes of Health et Fondation pour les instituts nationaux de santé Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit d’intérêt potentielTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les rédacteurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués